Tiger Team Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams. To apply for support by a tiger team, click

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In Progress
tt-alphafoldOptimiziations for Alphafold
tt-berd-bwBusiness and Economic Research Data Center (BERD-Center)
tt-coopgssEuropaweite Kooperation in Global Systems Science
tt-copulasSimulation study - A new variance estimator for empirical copulas in high dimensions
tt-covid19COVID-19 Ausbreitungsvorhersage
tt-cryosparcSecure installation of Cryosparc for a multi-user cluster environment
tt-expertnFehlersuche und Fehlerbehebung in der Modellbibliothek Expert-N im Zusammenhang mit MPI
tt-ines-energieUnterstützung des Projekts "Neural Power"
Finished in 2021
tt-cuby4Implementierung von QM/MM Methoden und Workflows unter Verwendung von Cuby4
tt-electrochem-dftb+Modeling Electrochemical Systems with DFTB
tt-fitmulicellImplementierung der FitMultiCell Pipeline auf dem bwForCluster MLS&WISO
tt-h2-diffusionAccelerating the Simulations of Processes of Hydrogen Diffusion
tt-hippo-miceHippocampal activity in mice
tt-leiImage Preprocessing for the "Lessico Etimologico Italiano"
tt-palabos-multinodeScalability of Lattice Boltzmann simulations of electrochemical systems using Palabos
tt-relionBest Practices for the Cryo-EM Software Relion
tt-wsbac-pipelineAnwendung der WGSBAC-Pipeline auf Brucelladaten
Finished in 2020
tt-airAir Quality Simulation
tt-atlas-remotebootRemoteboot der ATLAS Softwareumgebung
tt-cgnsDatenexport im CGNS-Dateiformat
tt-cms-coordinated-cachingSteigerung der Effizienz IO-intensiver HEP-Workflows durch koordiniertes Caching
tt-fireworks-s3Management of Workflows and Research Data with Fireworks using an Object Store
tt-lammps-multi-gpuMulti-GPU-Support für LAMMPS auf NEMO
tt-licence-hohenheimLizenzierte Simulationssoftware von ANSYS auf dem bwUniCluster für Ingenieurnutzer aus der Universität Hohenheim
tt-ml-gpusQuantum Dynamics from Artificial Neural Networks
tt-reproducible-benchmarkingZuverlässige Laufzeitmessungen
tt-shortranDeployment of Shortran Pipeline on BinAC using Singularity
tt-startscriptAnleitung neuer Nutzer der Hochschule Esslingen auf dem bwUnicluster
tt-visu2Remote Visualization of Simulations in Microsystems Engineering
Finished in 2019
tt-animal-behaviorNeue Softwaremodule für die Verhaltensbiologie
tt-antismashDeployment of antiSMASH and BiG-MEX on BinAC
tt-atlas-cvmfsDeployment of CVMFS on NEMO for benchmarking purposes and future usage in Singularity Containers
tt-cfourParalleles CFOUR zur verbesserten HPC-Nutzung
tt-cms-dynamic-schedulingOptimierung des dynamischen Managements von Ressourcen in der virtuellen Forschungsumgebung CMS
tt-gromacsBereitstellung von GROMACS auf allen bwHPC-Clustern
tt-ilastikVideoanalyse zur Strategiedetektion von Ratten mit der Software Ilastik
tt-lammps-v100Running LAMMPS on Nvidia V100 on NEMO
tt-licence-tunnelingLizenzierte Simulationssoftware auf dem bwUniCluster für Ingenieure der Hochschule Esslingen
tt-matlab-psMATLAB Parallel Server Usability
tt-mdcsUpdate of MATLAB MDCS Integration
tt-minion"Alignment/Analysis Workflow" für "long sequence reads" aus dem MinION Nanopore-System
tt-mxnetBereitstellung von MXNET auf dem bwForCluster MLS&WISO
tt-ofpstreamParallele Programmierung in OpenFOAM
tt-planet-dynamicsDynamics of Planets embedded in Accretion disks
tt-plant-invaderRapid evolution of a plant invader in response to biological control herbivory and climate change
tt-praktikum-stuttgartPractical course "Design of proteins" 2018
tt-praktikum-stuttgartPractical course "Design of proteins" 2019
tt-pyredOptimierung von pyRed/Kira für HPC-Maschinen
tt-reputationRisiko-Analyse mit Stata
tt-vasp-vtstVariational transition state theory with VASP
tt-vasp-wannier90Model development for nanoconfined water in quasi 1D crystals
tt-visualRemote Visualisierung auf dem bwUniCluster für Ingenieure
Finished in 2018
tt-cryoDaten-intensive Verarbeitung von Cryo-Elektronenmikroskopie-Daten
tt-dicke-modellDissipative Dynamik eines abgebildeten Dicke Modells
tt-gpawBereitstellung von gpaw mit zusätzlichen Modulen
tt-handelHandelssimulationen mit Stata
tt-imbiWorkflow for Whole Genome Analysis
tt-molcas-optOptimization of Molcas scratch data management on bwForCluster JUSTUS
tt-petsc-mooseBereitstellung von PETSc und MOOSE zur 3D-Modellierung von Batterien
tt-radiologyOptimierung der parallelen Prozessierung von 3D-Mikroskopdaten von ganzen Organen
tt-stataComputation of large problems with STATA
tt-visuRemote Visualisierung für Simulationen aus der Mikrosystemtechnik
Finished in 2017
tt-adoOptimierung einer Adaptive Design Optimization (ADO) Anwendung
tt-amplSolving large optimization problems with the AMPL workbench
tt-anatomyBio-medical large scale computing
tt-atlasVirtualized Research Environment ATLAS for Production
tt-cmsOptimizations for Virtualized Research Environment CMS
tt-cpmdPortierung, Anpassung und Optimierung von CPMD für den bwForCluster JUSTUS
tt-galaxyGalaxy Containers
tt-gamessInstallation und Tests verschiedener Gamess Versionen als Projektarbeit zur Ausbildung Fachinformatiker
tt-lammpsLAMMPS on Xeon Phi KNL
tt-lsdfUnterstützung von Workflows zur direkten Nutzung des Speicherdienstes SDS@hd
tt-mirnaMachine learning in miRNA-target prediction
tt-nestNEST on NEMO
tt-opticWave optic simulations using COMSOL and MATLAB with distributed memory
tt-ornithologieGemeinsames Laufwerk für Ornithologie-Datenbanken auf dem bwUniCluster
tt-pipelineInstallation von Bioinformatik-Software
tt-praktikumPractical course "Design of proteins" 2017
tt-rthreadsParallelisierung von nichtparametrischen Kernel-Methoden in R
tt-vaspExtension of van der Waals D3 method for better description of metal metal interactions in metallic systems
Finished in 2016
tt-comsolBereitstellung der COMSOL Simulationsplattform auf dem bwUniCluster
tt-criuImplementierung einer Checkpoint/Restart Infrastruktur mit Hilfe von criu
tt-galaxyVirtual Galaxy
tt-gamessGAMESS Porting to JUSTUS
tt-gpawInstallation einer optimierten GPAW Version
tt-mplusMplus-Bereitstellung auf dem bwForCluster MLS&WISO
tt-namdPerformance improvement and benchmarking of NAMD for single-/multinode cases
tt-netcdfFortran program usage of netcdf-routines @bwUniCluster
tt-openfoam-justusPortierung und Optimierung von HPC-Rechnungen mit gekoppelten Anwendungen und erhöhtem Speicherbedarf auf JUSTUS
tt-siestaPerformance Improvement of Siesta
tt-spectralSpectral analysis of field potential recordings in an epilepsy model
tt-ziIntegration Zentralinstitut für Seelische Gesundheit
Finished in 2015
tt-atlasFeasibility Study: Virtual Research Environment ATLAS
tt-cmsVirtual Research Environment CMS
tt-dmrgDensity Matrix Renormalization Group Method DMRG
tt-frealixPortierung und Optimierung von Frealix für den bwUniCluster
tt-horexHoReX - Hochdurchsatzanalyse zur Retinologischen Expertenanalyse
tt-kircherOptimierung der Kircherpipeline für HPC-Ressourcen für die Hochdurchsatzanaylse von historischer DNA
tt-klimaRegionaler Klimawandel
tt-lsdfUnterstützung von Workflows zur direkten Nutzung der LSDF in Heidelberg
tt-matlabMatlab Integration
tt-openfoam-demCFD-Berechnungen von Strömungen mit Partikeln und chemischen Reaktionen
tt-openfoam-develHPC implementation of the OpenFOAM top-level solver phaseFieldFoam
tt-plantsDevelopment and implementation of bioinformatic workflows incl. data managent for sequence analysis of plants
tt-qiimeQIIME in HPC-Bereich
tt-wasserfloeheErforschung von genetischen Populationsstrukturen am Beispiel von europäischen Wasserflöhen
tt-wirelessAn Analysis of Multicast Traffic in Wireless Networks
tt-wtrnaData management, processing and analysis of Whole Transcriptome based RNA-sequencing reads
Finished in 2014
tt-htpaoHigh-Throughput Picture Analysis in Ophthalmologie
tt-mathematicaMathematica Integration
tt-parlamentAutomatische Kodierung parlamentarischer Anfragen
tt-smoldynPseudo-Parallelization of SMOLDYN