All Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams. 

Apply for Tiger Team Project

Finished in 2022    
  tt-alphafold Optimiziations for Alphafold
  tt-berd-bw Business and Economic Research Data Center (BERD-Center)
  tt-coopgss Europaweite Kooperation in Global Systems Science
  tt-copulas Simulation study - A new variance estimator for empirical copulas in high dimensions
  tt-covid19 COVID-19 Ausbreitungsvorhersage
  tt-cryosparc Secure installation of Cryosparc for a multi-user cluster environment
  tt-expertn Fehlersuche und Fehlerbehebung in der Modellbibliothek Expert-N im Zusammenhang mit MPI
  tt-ines-energie Unterstützung des Projekts "Neural Power"
Finished in 2021    
  tt-cuby4 Implementierung von QM/MM Methoden und Workflows unter Verwendung von Cuby4
  tt-electrochem-dftb+ Modeling Electrochemical Systems with DFTB
  tt-fitmulicell Implementierung der FitMultiCell Pipeline auf dem bwForCluster MLS&WISO
  tt-h2-diffusion Accelerating the Simulations of Processes of Hydrogen Diffusion
  tt-hippo-mice Hippocampal activity in mice
  tt-lei Image Preprocessing for the "Lessico Etimologico Italiano"
  tt-palabos-multinode Scalability of Lattice Boltzmann simulations of electrochemical systems using Palabos
  tt-relion Best Practices for the Cryo-EM Software Relion
  tt-wsbac-pipeline Anwendung der WGSBAC-Pipeline auf Brucelladaten
Finished in 2020    
  tt-air Air Quality Simulation
  tt-atlas-remoteboot Remoteboot der ATLAS Softwareumgebung
  tt-cgns Datenexport im CGNS-Dateiformat
  tt-cms-coordinated-caching Steigerung der Effizienz IO-intensiver HEP-Workflows durch koordiniertes Caching
  tt-fireworks-s3 Management of Workflows and Research Data with Fireworks using an Object Store
  tt-lammps-multi-gpu Multi-GPU-Support für LAMMPS auf NEMO
  tt-licence-hohenheim Lizenzierte Simulationssoftware von ANSYS auf dem bwUniCluster für Ingenieurnutzer aus der Universität Hohenheim
  tt-ml-gpus Quantum Dynamics from Artificial Neural Networks
  tt-reproducible-benchmarking Zuverlässige Laufzeitmessungen
  tt-shortran Deployment of Shortran Pipeline on BinAC using Singularity
  tt-startscript Anleitung neuer Nutzer der Hochschule Esslingen auf dem bwUnicluster
  tt-visu2 Remote Visualization of Simulations in Microsystems Engineering
Finished in 2019    
  tt-animal-behavior Neue Softwaremodule für die Verhaltensbiologie
  tt-antismash Deployment of antiSMASH and BiG-MEX on BinAC
  tt-atlas-cvmfs Deployment of CVMFS on NEMO for benchmarking purposes and future usage in Singularity Containers
  tt-cfour Paralleles CFOUR zur verbesserten HPC-Nutzung
  tt-cms-dynamic-scheduling Optimierung des dynamischen Managements von Ressourcen in der virtuellen Forschungsumgebung CMS
  tt-gromacs Bereitstellung von GROMACS auf allen bwHPC-Clustern
  tt-ilastik Videoanalyse zur Strategiedetektion von Ratten mit der Software Ilastik
  tt-lammps-v100 Running LAMMPS on Nvidia V100 on NEMO
  tt-licence-tunneling Lizenzierte Simulationssoftware auf dem bwUniCluster für Ingenieure der Hochschule Esslingen
  tt-matlab-ps MATLAB Parallel Server Usability
  tt-mdcs Update of MATLAB MDCS Integration
  tt-minion "Alignment/Analysis Workflow" für "long sequence reads" aus dem MinION Nanopore-System
  tt-mxnet Bereitstellung von MXNET auf dem bwForCluster MLS&WISO
  tt-ofpstream Parallele Programmierung in OpenFOAM
  tt-planet-dynamics Dynamics of Planets embedded in Accretion disks
  tt-plant-invader Rapid evolution of a plant invader in response to biological control herbivory and climate change
  tt-praktikum-stuttgart Practical course "Design of proteins" 2018
  tt-praktikum-stuttgart Practical course "Design of proteins" 2019
  tt-pyred Optimierung von pyRed/Kira für HPC-Maschinen
  tt-reputation Risiko-Analyse mit Stata
  tt-vasp-vtst Variational transition state theory with VASP
  tt-vasp-wannier90 Model development for nanoconfined water in quasi 1D crystals
  tt-visual Remote Visualisierung auf dem bwUniCluster für Ingenieure
Finished in 2018    
  tt-cryo Daten-intensive Verarbeitung von Cryo-Elektronenmikroskopie-Daten
  tt-dicke-modell Dissipative Dynamik eines abgebildeten Dicke Modells
  tt-gpaw Bereitstellung von gpaw mit zusätzlichen Modulen
  tt-handel Handelssimulationen mit Stata
  tt-imbi Workflow for Whole Genome Analysis
  tt-molcas-opt Optimization of Molcas scratch data management on bwForCluster JUSTUS
  tt-petsc-moose Bereitstellung von PETSc und MOOSE zur 3D-Modellierung von Batterien
  tt-radiology Optimierung der parallelen Prozessierung von 3D-Mikroskopdaten von ganzen Organen
  tt-stata Computation of large problems with STATA
  tt-visu Remote Visualisierung für Simulationen aus der Mikrosystemtechnik
Finished in 2017    
  tt-ado Optimierung einer Adaptive Design Optimization (ADO) Anwendung
  tt-ampl Solving large optimization problems with the AMPL workbench
  tt-anatomy Bio-medical large scale computing
  tt-atlas Virtualized Research Environment ATLAS for Production
  tt-cms Optimizations for Virtualized Research Environment CMS
  tt-cpmd Portierung, Anpassung und Optimierung von CPMD für den bwForCluster JUSTUS
  tt-galaxy Galaxy Containers
  tt-gamess Installation und Tests verschiedener Gamess Versionen als Projektarbeit zur Ausbildung Fachinformatiker
  tt-lammps LAMMPS on Xeon Phi KNL
  tt-lsdf Unterstützung von Workflows zur direkten Nutzung des Speicherdienstes SDS∂hd
  tt-mirna Machine learning in miRNA-target prediction
  tt-nest NEST on NEMO
  tt-optic Wave optic simulations using COMSOL and MATLAB with distributed memory
  tt-ornithologie Gemeinsames Laufwerk für Ornithologie-Datenbanken auf dem bwUniCluster
  tt-pipeline Installation von Bioinformatik-Software
  tt-praktikum Practical course "Design of proteins" 2017
  tt-rthreads Parallelisierung von nichtparametrischen Kernel-Methoden in R
  tt-vasp Extension of van der Waals D3 method for better description of metal metal interactions in metallic systems
Finished in 2016    
  tt-comsol Bereitstellung der COMSOL Simulationsplattform auf dem bwUniCluster
  tt-criu Implementierung einer Checkpoint/Restart Infrastruktur mit Hilfe von criu
  tt-galaxy Virtual Galaxy
  tt-gamess GAMESS Porting to JUSTUS
  tt-gpaw Installation einer optimierten GPAW Version
  tt-mplus Mplus-Bereitstellung auf dem bwForCluster MLS&WISO
  tt-namd Performance improvement and benchmarking of NAMD for single-/multinode cases
  tt-netcdf Fortran program usage of netcdf-routines ∂bwUniCluster
  tt-openfoam-justus Portierung und Optimierung von HPC-Rechnungen mit gekoppelten Anwendungen und erhöhtem Speicherbedarf auf JUSTUS
  tt-siesta Performance Improvement of Siesta
  tt-spectral Spectral analysis of field potential recordings in an epilepsy model
  tt-zi Integration Zentralinstitut für Seelische Gesundheit
Finished in 2015    
  tt-atlas Feasibility Study: Virtual Research Environment ATLAS
  tt-cms Virtual Research Environment CMS
  tt-dmrg Density Matrix Renormalization Group Method DMRG
  tt-frealix Portierung und Optimierung von Frealix für den bwUniCluster
  tt-horex HoReX - Hochdurchsatzanalyse zur Retinologischen Expertenanalyse
  tt-kircher Optimierung der Kircherpipeline für HPC-Ressourcen für die Hochdurchsatzanaylse von historischer DNA
  tt-klima Regionaler Klimawandel
  tt-lsdf Unterstützung von Workflows zur direkten Nutzung der LSDF in Heidelberg
  tt-matlab Matlab Integration
  tt-openfoam-dem CFD-Berechnungen von Strömungen mit Partikeln und chemischen Reaktionen
  tt-openfoam-devel HPC implementation of the OpenFOAM top-level solver phaseFieldFoam
  tt-plants Development and implementation of bioinformatic workflows incl. data managent for sequence analysis of plants
  tt-qiime QIIME in HPC-Bereich
  tt-wasserfloehe Erforschung von genetischen Populationsstrukturen am Beispiel von europäischen Wasserflöhen
  tt-wireless An Analysis of Multicast Traffic in Wireless Networks
  tt-wtrna Data management, processing and analysis of Whole Transcriptome based RNA-sequencing reads
Finished in 2014    
  tt-htpao High-Throughput Picture Analysis in Ophthalmologie
  tt-mathematica Mathematica Integration
  tt-parlament Automatische Kodierung parlamentarischer Anfragen
  tt-smoldyn Pseudo-Parallelization of SMOLDYN