All Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams.

Finished in 2022
	tt-alphafold	Optimiziations for Alphafold
	tt-berd-bw	Business and Economic Research Data Center (BERD-Center)
	tt-coopgss	Europaweite Kooperation in Global Systems Science
	tt-copulas	Simulation study - A new variance estimator for empirical copulas in high dimensions
	tt-covid19	COVID-19 Ausbreitungsvorhersage
	tt-cryosparc	Secure installation of Cryosparc for a multi-user cluster environment
	tt-expertn	Fehlersuche und Fehlerbehebung in der Modellbibliothek Expert-N im Zusammenhang mit MPI
	tt-ines-energie	Unterstützung des Projekts "Neural Power"

Finished in 2021
	tt-cuby4	Implementierung von QM/MM Methoden und Workflows unter Verwendung von Cuby4
	tt-electrochem-dftb+	Modeling Electrochemical Systems with DFTB
	tt-fitmulicell	Implementierung der FitMultiCell Pipeline auf dem bwForCluster MLS&WISO
	tt-h2-diffusion	Accelerating the Simulations of Processes of Hydrogen Diffusion
	tt-hippo-mice	Hippocampal activity in mice
	tt-lei	Image Preprocessing for the "Lessico Etimologico Italiano"
	tt-palabos-multinode	Scalability of Lattice Boltzmann simulations of electrochemical systems using Palabos
	tt-relion	Best Practices for the Cryo-EM Software Relion
	tt-wsbac-pipeline	Anwendung der WGSBAC-Pipeline auf Brucelladaten

Finished in 2020
	tt-air	Air Quality Simulation
	tt-atlas-remoteboot	Remoteboot der ATLAS Softwareumgebung
	tt-cgns	Datenexport im CGNS-Dateiformat
	tt-cms-coordinated-caching	Steigerung der Effizienz IO-intensiver HEP-Workflows durch koordiniertes Caching
	tt-fireworks-s3	Management of Workflows and Research Data with Fireworks using an Object Store
	tt-lammps-multi-gpu	Multi-GPU-Support für LAMMPS auf NEMO
	tt-licence-hohenheim	Lizenzierte Simulationssoftware von ANSYS auf dem bwUniCluster für Ingenieurnutzer aus der Universität Hohenheim
	tt-ml-gpus	Quantum Dynamics from Artificial Neural Networks
	tt-reproducible-benchmarking	Zuverlässige Laufzeitmessungen
	tt-shortran	Deployment of Shortran Pipeline on BinAC using Singularity
	tt-startscript	Anleitung neuer Nutzer der Hochschule Esslingen auf dem bwUnicluster
	tt-visu2	Remote Visualization of Simulations in Microsystems Engineering

Finished in 2019
	tt-animal-behavior	Neue Softwaremodule für die Verhaltensbiologie
	tt-antismash	Deployment of antiSMASH and BiG-MEX on BinAC
	tt-atlas-cvmfs	Deployment of CVMFS on NEMO for benchmarking purposes and future usage in Singularity Containers
	tt-cfour	Paralleles CFOUR zur verbesserten HPC-Nutzung
	tt-cms-dynamic-scheduling	Optimierung des dynamischen Managements von Ressourcen in der virtuellen Forschungsumgebung CMS
	tt-gromacs	Bereitstellung von GROMACS auf allen bwHPC-Clustern
	tt-ilastik	Videoanalyse zur Strategiedetektion von Ratten mit der Software Ilastik
	tt-lammps-v100	Running LAMMPS on Nvidia V100 on NEMO
	tt-licence-tunneling	Lizenzierte Simulationssoftware auf dem bwUniCluster für Ingenieure der Hochschule Esslingen
	tt-matlab-ps	MATLAB Parallel Server Usability
	tt-mdcs	Update of MATLAB MDCS Integration
	tt-minion	"Alignment/Analysis Workflow" für "long sequence reads" aus dem MinION Nanopore-System
	tt-mxnet	Bereitstellung von MXNET auf dem bwForCluster MLS&WISO
	tt-ofpstream	Parallele Programmierung in OpenFOAM
	tt-planet-dynamics	Dynamics of Planets embedded in Accretion disks
	tt-plant-invader	Rapid evolution of a plant invader in response to biological control herbivory and climate change
	tt-praktikum-stuttgart	Practical course "Design of proteins" 2018
	tt-praktikum-stuttgart	Practical course "Design of proteins" 2019
	tt-pyred	Optimierung von pyRed/Kira für HPC-Maschinen
	tt-reputation	Risiko-Analyse mit Stata
	tt-vasp-vtst	Variational transition state theory with VASP
	tt-vasp-wannier90	Model development for nanoconfined water in quasi 1D crystals
	tt-visual	Remote Visualisierung auf dem bwUniCluster für Ingenieure

Finished in 2018
	tt-cryo	Daten-intensive Verarbeitung von Cryo-Elektronenmikroskopie-Daten
	tt-dicke-modell	Dissipative Dynamik eines abgebildeten Dicke Modells
	tt-gpaw	Bereitstellung von gpaw mit zusätzlichen Modulen
	tt-handel	Handelssimulationen mit Stata
	tt-imbi	Workflow for Whole Genome Analysis
	tt-molcas-opt	Optimization of Molcas scratch data management on bwForCluster JUSTUS
	tt-petsc-moose	Bereitstellung von PETSc und MOOSE zur 3D-Modellierung von Batterien
	tt-radiology	Optimierung der parallelen Prozessierung von 3D-Mikroskopdaten von ganzen Organen
	tt-stata	Computation of large problems with STATA
	tt-visu	Remote Visualisierung für Simulationen aus der Mikrosystemtechnik

Finished in 2017
	tt-ado	Optimierung einer Adaptive Design Optimization (ADO) Anwendung
	tt-ampl	Solving large optimization problems with the AMPL workbench
	tt-anatomy	Bio-medical large scale computing
	tt-atlas	Virtualized Research Environment ATLAS for Production
	tt-cms	Optimizations for Virtualized Research Environment CMS
	tt-cpmd	Portierung, Anpassung und Optimierung von CPMD für den bwForCluster JUSTUS
	tt-galaxy	Galaxy Containers
	tt-gamess	Installation und Tests verschiedener Gamess Versionen als Projektarbeit zur Ausbildung Fachinformatiker
	tt-lammps	LAMMPS on Xeon Phi KNL
	tt-lsdf	Unterstützung von Workflows zur direkten Nutzung des Speicherdienstes SDS∂hd
	tt-mirna	Machine learning in miRNA-target prediction
	tt-nest	NEST on NEMO
	tt-optic	Wave optic simulations using COMSOL and MATLAB with distributed memory
	tt-ornithologie	Gemeinsames Laufwerk für Ornithologie-Datenbanken auf dem bwUniCluster
	tt-pipeline	Installation von Bioinformatik-Software
	tt-praktikum	Practical course "Design of proteins" 2017
	tt-rthreads	Parallelisierung von nichtparametrischen Kernel-Methoden in R
	tt-vasp	Extension of van der Waals D3 method for better description of metal metal interactions in metallic systems

Finished in 2016
	tt-comsol	Bereitstellung der COMSOL Simulationsplattform auf dem bwUniCluster
	tt-criu	Implementierung einer Checkpoint/Restart Infrastruktur mit Hilfe von criu
	tt-galaxy	Virtual Galaxy
	tt-gamess	GAMESS Porting to JUSTUS
	tt-gpaw	Installation einer optimierten GPAW Version
	tt-mplus	Mplus-Bereitstellung auf dem bwForCluster MLS&WISO
	tt-namd	Performance improvement and benchmarking of NAMD for single-/multinode cases
	tt-netcdf	Fortran program usage of netcdf-routines ∂bwUniCluster
	tt-openfoam-justus	Portierung und Optimierung von HPC-Rechnungen mit gekoppelten Anwendungen und erhöhtem Speicherbedarf auf JUSTUS
	tt-siesta	Performance Improvement of Siesta
	tt-spectral	Spectral analysis of field potential recordings in an epilepsy model
	tt-zi	Integration Zentralinstitut für Seelische Gesundheit

Finished in 2015
	tt-atlas	Feasibility Study: Virtual Research Environment ATLAS
	tt-cms	Virtual Research Environment CMS
	tt-dmrg	Density Matrix Renormalization Group Method DMRG
	tt-frealix	Portierung und Optimierung von Frealix für den bwUniCluster
	tt-horex	HoReX - Hochdurchsatzanalyse zur Retinologischen Expertenanalyse
	tt-kircher	Optimierung der Kircherpipeline für HPC-Ressourcen für die Hochdurchsatzanaylse von historischer DNA
	tt-klima	Regionaler Klimawandel
	tt-lsdf	Unterstützung von Workflows zur direkten Nutzung der LSDF in Heidelberg
	tt-matlab	Matlab Integration
	tt-openfoam-dem	CFD-Berechnungen von Strömungen mit Partikeln und chemischen Reaktionen
	tt-openfoam-devel	HPC implementation of the OpenFOAM top-level solver phaseFieldFoam
	tt-plants	Development and implementation of bioinformatic workflows incl. data managent for sequence analysis of plants
	tt-qiime	QIIME in HPC-Bereich
	tt-wasserfloehe	Erforschung von genetischen Populationsstrukturen am Beispiel von europäischen Wasserflöhen
	tt-wireless	An Analysis of Multicast Traffic in Wireless Networks
	tt-wtrna	Data management, processing and analysis of Whole Transcriptome based RNA-sequencing reads

Finished in 2014
	tt-htpao	High-Throughput Picture Analysis in Ophthalmologie
	tt-mathematica	Mathematica Integration
	tt-parlament	Automatische Kodierung parlamentarischer Anfragen
	tt-smoldyn	Pseudo-Parallelization of SMOLDYN