Archive: Tiger Team Projects (2014 - 2022)

Tiger teams are a key instrument for specific user support. A tiger team is set up by a bwHPC competence centre on the basis of a support request that requires a higher level of optimisation and implementation work.
Tiger team support means that a task is worked on together with the user group making the enquiry. If necessary, community-specific experts with competences in the areas of software applications, development tools and techniques as well as libraries can be included.
This archive section contains reports from tiger team projects from the years 2014-2022. Results from newer tiger teams are included in the project descriptions on the general projects page.

All Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams.

Finished in 2022    
  tt-alphafold Optimiziations for Alphafold
  tt-berd-bw Business and Economic Research Data Center (BERD-Center)
  tt-coopgss Europaweite Kooperation in Global Systems Science
  tt-copulas Simulation study - A new variance estimator for empirical copulas in high dimensions
  tt-covid19 COVID-19 Ausbreitungsvorhersage
  tt-cryosparc Secure installation of Cryosparc for a multi-user cluster environment
  tt-expertn Fehlersuche und Fehlerbehebung in der Modellbibliothek Expert-N im Zusammenhang mit MPI
  tt-ines-energie Unterstützung des Projekts "Neural Power"
Finished in 2021    
  tt-cuby4 Implementierung von QM/MM Methoden und Workflows unter Verwendung von Cuby4
  tt-electrochem-dftb+ Modeling Electrochemical Systems with DFTB
  tt-fitmulicell Implementierung der FitMultiCell Pipeline auf dem bwForCluster MLS&WISO
  tt-h2-diffusion Accelerating the Simulations of Processes of Hydrogen Diffusion
  tt-hippo-mice Hippocampal activity in mice
  tt-lei Image Preprocessing for the "Lessico Etimologico Italiano"
  tt-palabos-multinode Scalability of Lattice Boltzmann simulations of electrochemical systems using Palabos
  tt-relion Best Practices for the Cryo-EM Software Relion
  tt-wsbac-pipeline Anwendung der WGSBAC-Pipeline auf Brucelladaten
Finished in 2020    
  tt-air Air Quality Simulation
  tt-atlas-remoteboot Remoteboot der ATLAS Softwareumgebung
  tt-cgns Datenexport im CGNS-Dateiformat
  tt-cms-coordinated-caching Steigerung der Effizienz IO-intensiver HEP-Workflows durch koordiniertes Caching
  tt-fireworks-s3 Management of Workflows and Research Data with Fireworks using an Object Store
  tt-lammps-multi-gpu Multi-GPU-Support für LAMMPS auf NEMO
  tt-licence-hohenheim Lizenzierte Simulationssoftware von ANSYS auf dem bwUniCluster für Ingenieurnutzer aus der Universität Hohenheim
  tt-ml-gpus Quantum Dynamics from Artificial Neural Networks
  tt-reproducible-benchmarking Zuverlässige Laufzeitmessungen
  tt-shortran Deployment of Shortran Pipeline on BinAC using Singularity
  tt-startscript Anleitung neuer Nutzer der Hochschule Esslingen auf dem bwUnicluster
  tt-visu2 Remote Visualization of Simulations in Microsystems Engineering
Finished in 2019    
  tt-animal-behavior Neue Softwaremodule für die Verhaltensbiologie
  tt-antismash Deployment of antiSMASH and BiG-MEX on BinAC
  tt-atlas-cvmfs Deployment of CVMFS on NEMO for benchmarking purposes and future usage in Singularity Containers
  tt-cfour Paralleles CFOUR zur verbesserten HPC-Nutzung
  tt-cms-dynamic-scheduling Optimierung des dynamischen Managements von Ressourcen in der virtuellen Forschungsumgebung CMS
  tt-gromacs Bereitstellung von GROMACS auf allen bwHPC-Clustern
  tt-ilastik Videoanalyse zur Strategiedetektion von Ratten mit der Software Ilastik
  tt-lammps-v100 Running LAMMPS on Nvidia V100 on NEMO
  tt-licence-tunneling Lizenzierte Simulationssoftware auf dem bwUniCluster für Ingenieure der Hochschule Esslingen
  tt-matlab-ps MATLAB Parallel Server Usability
  tt-mdcs Update of MATLAB MDCS Integration
  tt-minion "Alignment/Analysis Workflow" für "long sequence reads" aus dem MinION Nanopore-System
  tt-mxnet Bereitstellung von MXNET auf dem bwForCluster MLS&WISO
  tt-ofpstream Parallele Programmierung in OpenFOAM
  tt-planet-dynamics Dynamics of Planets embedded in Accretion disks
  tt-plant-invader Rapid evolution of a plant invader in response to biological control herbivory and climate change
  tt-praktikum-stuttgart Practical course "Design of proteins" 2018
  tt-praktikum-stuttgart Practical course "Design of proteins" 2019
  tt-pyred Optimierung von pyRed/Kira für HPC-Maschinen
  tt-reputation Risiko-Analyse mit Stata
  tt-vasp-vtst Variational transition state theory with VASP
  tt-vasp-wannier90 Model development for nanoconfined water in quasi 1D crystals
  tt-visual Remote Visualisierung auf dem bwUniCluster für Ingenieure
Finished in 2018    
  tt-cryo Daten-intensive Verarbeitung von Cryo-Elektronenmikroskopie-Daten
  tt-dicke-modell Dissipative Dynamik eines abgebildeten Dicke Modells
  tt-gpaw Bereitstellung von gpaw mit zusätzlichen Modulen
  tt-handel Handelssimulationen mit Stata
  tt-imbi Workflow for Whole Genome Analysis
  tt-molcas-opt Optimization of Molcas scratch data management on bwForCluster JUSTUS
  tt-petsc-moose Bereitstellung von PETSc und MOOSE zur 3D-Modellierung von Batterien
  tt-radiology Optimierung der parallelen Prozessierung von 3D-Mikroskopdaten von ganzen Organen
  tt-stata Computation of large problems with STATA
  tt-visu Remote Visualisierung für Simulationen aus der Mikrosystemtechnik
Finished in 2017    
  tt-ado Optimierung einer Adaptive Design Optimization (ADO) Anwendung
  tt-ampl Solving large optimization problems with the AMPL workbench
  tt-anatomy Bio-medical large scale computing
  tt-atlas Virtualized Research Environment ATLAS for Production
  tt-cms Optimizations for Virtualized Research Environment CMS
  tt-cpmd Portierung, Anpassung und Optimierung von CPMD für den bwForCluster JUSTUS
  tt-galaxy Galaxy Containers
  tt-gamess Installation und Tests verschiedener Gamess Versionen als Projektarbeit zur Ausbildung Fachinformatiker
  tt-lammps LAMMPS on Xeon Phi KNL
  tt-lsdf Unterstützung von Workflows zur direkten Nutzung des Speicherdienstes SDS∂hd
  tt-mirna Machine learning in miRNA-target prediction
  tt-nest NEST on NEMO
  tt-optic Wave optic simulations using COMSOL and MATLAB with distributed memory
  tt-ornithologie Gemeinsames Laufwerk für Ornithologie-Datenbanken auf dem bwUniCluster
  tt-pipeline Installation von Bioinformatik-Software
  tt-praktikum Practical course "Design of proteins" 2017
  tt-rthreads Parallelisierung von nichtparametrischen Kernel-Methoden in R
  tt-vasp Extension of van der Waals D3 method for better description of metal metal interactions in metallic systems
Finished in 2016    
  tt-comsol Bereitstellung der COMSOL Simulationsplattform auf dem bwUniCluster
  tt-criu Implementierung einer Checkpoint/Restart Infrastruktur mit Hilfe von criu
  tt-galaxy Virtual Galaxy
  tt-gamess GAMESS Porting to JUSTUS
  tt-gpaw Installation einer optimierten GPAW Version
  tt-mplus Mplus-Bereitstellung auf dem bwForCluster MLS&WISO
  tt-namd Performance improvement and benchmarking of NAMD for single-/multinode cases
  tt-netcdf Fortran program usage of netcdf-routines ∂bwUniCluster
  tt-openfoam-justus Portierung und Optimierung von HPC-Rechnungen mit gekoppelten Anwendungen und erhöhtem Speicherbedarf auf JUSTUS
  tt-siesta Performance Improvement of Siesta
  tt-spectral Spectral analysis of field potential recordings in an epilepsy model
  tt-zi Integration Zentralinstitut für Seelische Gesundheit
Finished in 2015    
  tt-atlas Feasibility Study: Virtual Research Environment ATLAS
  tt-cms Virtual Research Environment CMS
  tt-dmrg Density Matrix Renormalization Group Method DMRG
  tt-frealix Portierung und Optimierung von Frealix für den bwUniCluster
  tt-horex HoReX - Hochdurchsatzanalyse zur Retinologischen Expertenanalyse
  tt-kircher Optimierung der Kircherpipeline für HPC-Ressourcen für die Hochdurchsatzanaylse von historischer DNA
  tt-klima Regionaler Klimawandel
  tt-lsdf Unterstützung von Workflows zur direkten Nutzung der LSDF in Heidelberg
  tt-matlab Matlab Integration
  tt-openfoam-dem CFD-Berechnungen von Strömungen mit Partikeln und chemischen Reaktionen
  tt-openfoam-devel HPC implementation of the OpenFOAM top-level solver phaseFieldFoam
  tt-plants Development and implementation of bioinformatic workflows incl. data managent for sequence analysis of plants
  tt-qiime QIIME in HPC-Bereich
  tt-wasserfloehe Erforschung von genetischen Populationsstrukturen am Beispiel von europäischen Wasserflöhen
  tt-wireless An Analysis of Multicast Traffic in Wireless Networks
  tt-wtrna Data management, processing and analysis of Whole Transcriptome based RNA-sequencing reads
Finished in 2014    
  tt-htpao High-Throughput Picture Analysis in Ophthalmologie
  tt-mathematica Mathematica Integration
  tt-parlament Automatische Kodierung parlamentarischer Anfragen
  tt-smoldyn Pseudo-Parallelization of SMOLDYN