Tiger Team Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams. To apply for support by a tiger team, click

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Tiger Team: tt-fitmulicell

Implementierung der FitMultiCell Pipeline auf dem bwForCluster MLS&WISO

Das Ziel des Tiger-Teams war die Nutzung der FitMultiCell Pipeline [1] in einem Projekt zur Simulation und Charakterisierung der Infektionsdynamik von HIV in komplexen Umgebungen. FitMultiCell vereint die Software Morpheus [2] und das Python-Paket pyABC [3], um komplexe, multizelluläre Systeme anhand experimenteller Daten zu parametrisieren und zu simulieren.

Mit Unterstützung des HPC Competence Center MLS&WISO konnten verschiedene Probleme bearbeitet werden, um die FitMultiCell Pipeline mit Hilfe eines Redis-Servers parallelisiert auf dem bwForCluster MLS&WISO zu nutzen. Dabei wurde unter anderem ein Modul für die Simulationssoftware Morpheus und ein Nutzer-spezifisches Python-Modul zur Nutzung von pyABC bereitgestellt. Desweiteren bedarf es konstanten Supports, um die einzelnen Komponenten der Pipeline bei Software-Updates anzupassen wie z.B. den Redis-Server für die Nutzung auf Rechenknoten anstatt auf Login-Knoten.

[1] https://fitmulticell.gitlab.io/
[2] https://morpheus.gitlab.io/
[3] https://pyabc.readthedocs.io/en/latest/

Mitglieder des Tiger-Teams: AG Graw, BioQuant, Universität Heidelberg; HPC Competence Center MLS&WISO

Status: abgeschlossen.