Tiger Team Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams. To apply for support by a tiger team, click

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Tiger Team: tt-gromacs

Bereitstellung von GROMACS auf allen bwHPC-Clustern

GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) ist ein Softwarepaket für Simulationen und Auswertungen molekulardynamischer Prozesse. Aufgrund seiner Vielseitigkeit ist es eines der am meisten verwendeten Module für molekulare Simulationen. Deshalb ist es erforderlich, dass GROMACS auf allen bwHPC-Clustersstemen verfügbar gemacht wird. Die unterschiedlichen Hardware- und Entwicklungssysteme erforderten multiple Konfigurationen für den Bau der Software. Herausforderungen ergaben sich auch wegen der teilweise recht unterschiedlichen internen Strukturen der einzelnen GROMACS-Versionen und deren Optionen für die parallele Ausführung auf unseren Clustern. Deshalb war es notwendig, dass Mitarbeiter aller Standorte an diesem Tiger-Team mitarbeiteten und letztendlich dafür gesorgt haben, dass GROMACS auf allen Systemen optimal funktioniert.

Mitglieder des Tiger-Teams: J. Krüger, HPC-Kompetenzzentrum BinA, Universität Tübingen; S. Richling, HPC-Kompetenzzentrum MLS&WISO, Universität Heidelberg; R. Rutka, HPC-Kompetenzzentrum CompChem, Universität Konstanz; J. Salk, HPC-Kompetenzzentrum CompChem, Universität Ulm; V. Ferrari, Institut für Technische Biochemie, Universität Stuttgart

Status: abgeschlossen.