Tiger Team Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams. To apply for support by a tiger team, click

Apply for Tiger Team Project

Tiger Team: tt-htpao

High-Throughput Picture Analysis in Ophthalmologie

Ziel des HTPAO Tiger Teams war die Optimierung der Parallelisierung des sogenannten ARIA Matlab Skriptes. Dieses Skript dient der automatisierten Auswertung von Bildern der Netzhaut im Rahmen der „Nationalen Kohorte“. Dies ist ein Netzwerk deutscher Forschungseinrichtungen aus der Helmholtz-Gemeinschaft, den Universitäten, der Leibniz-Gemeinschaft und der Ressortforschung. Es hat die Aufgabe, deutschlandweit den Aufbau einer groß angelegten Initiative für die Durchführung einer groß angelegten Langzeit-Bevölkerungsstudie ergriffen, um

  • die Ursachen von Volkskrankheiten wie z.B. Herz-Kreislauferkrankungen, Krebs, Diabetes, Demenzerkrankungen und Infektionskrankheiten aufzuklären,
  • Risikofaktoren zu identifizieren,
  • Wege einer wirksamen Vorbeugung aufzuzeigen, sowie
  • Möglichkeiten der Früherkennung von Krankheiten zu identifizieren.

Die Ophthalmologie der Universität Tübingen übernimmt im Rahmen der NK die Auswertung von Abbildungen der Netzhaut. Hierbei werden mit Hilfe des Matlab Programms ARIA automatisch Venen und Atrien identifiziert, der Durchmesser und anschließend das Verhältnis bestimmt. Die Daten werden vom DKFZ Heidelberg bereitgestellt und auf dem bwGRiD Cluster in Tübingen ausgewertet. Hierfür sind im Rahmen des Tiger Teams bash Skript für die automatisierte Auswertung erstellt worden und die Berechnungen mit dem ARIA Programm konnten durch Code Optimierung um das 10fache beschleunigt werden. Die bash-basierte Job Submission dient vor allem der Optimierung des Matlab Codes und ist nicht für die Produktion vorgesehen. Hierfür wird zurzeit in Kooperation mit der Hochschule Reutlingen ein auf Tomcat basierende Portallösung, um die Daten vom DFKZ Heidelberg zu empfangen, sie auf den bwGRiD Clustern Tübingen zu transferieren, zu Analysieren und die Resultate an den mit der Auswertung befassten Mediziner über einen Java Client zur Verfügung zu stellen. Die Entwicklung der Portal Komponenten findet an der Reutlingen statt, die Komponenten für die MOAB Job Submitierung wurden vom ZDV Reutlingen entworfen und in Java implementiert.

Mitglieder des Tiger-Teams: Ophthalmologie, Universität Tübingen; Zentrum für Datenverarbeitung, University of Tübingen

Status: finished.