Tiger Team Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams. To apply for support by a tiger team, click

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Tiger Team: tt-ilastik

Videoanalyse zur Strategiedetektion von Ratten mit der Software Ilastik

Dieses Tiger-Team befasste sich mit der Portierung des "interactive learning and segmentation toolkit" (Ilastik) in den Batch-Betrieb auf dem bwUniCluster zur Detektion von Strategien bei Ratten durch eine Analyse der Bewegungsmuster in einer Verhaltensaufgabe. Hierfür wurden Bash-Skripte erstellt, die die vormals händisch in der GUI des Programms durchgeführten Schritte automatisieren. Um eine möglichst genaue Aussage über die Bewegungsmuster treffen zu können, ist eine hohe Anzahl an Bildern nötig (5 frames/sec), welche mithilfe des bwUniClusters segmentiert werden, um anschließend den Aufenthaltsort der Ratte sowie ihren Blickwinkel zu jedem Zeitpunkt der Verhaltensaufgabe zu erhalten und somit die Strategie detektiert werden kann. Diese Verarbeitungsschritte wurden vorher auf einem einzelnen Abteilungs-Rechner vorgenommen, sodass durch die Nutzung des bwUniClusters eine signifikante Zeitersparnis erzielt werden konnte aufgrund der Aufteilung des Workflows auf mehreren Compute-Knoten.

Mitglieder des Tiger-Teams: Dr. Florian Bähner, Selina Hermann, Zentralinstitut für Seelische Gesundheit, Mannheim; HPC Kompetenzzentrum MLS&WISO

Status: abgeschlossen.