Tiger Team Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams. To apply for support by a tiger team, click

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Tiger Team: tt-minion

"Alignment/Analysis Workflow" für "long sequence reads" aus dem MinION Nanopore-System

Die MiniION von Oxford Nanopore ist eine handliche Durchflusszelle zur Sequenzierung von RNA und DNA. Mit ihr sind Readlängen von bis zu 20 Gigabasen möglich. So effizient diese Messmethode unter vielerlei Gesichtspunkten auch ist, so ergeben sich unmittelbar Herausforderungen bei der Auswertung der Rohdaten. Die meisten gängigen Tool zum alignen gegen ein humanen Referenzgenom, gehen von wesentlich kürzeren Reads aus. In diesem Tiger-Team wurden verschiedene Arbeitsgruppen und damit Expertise zur Auswertung von Rawreads zusammengebracht und es wurde die initiale Phase unterstützt.

Mitglieder des Tiger-Teams: Institut für Klinische Transfusionsmedizin und Immungenetik Ulm; Algorithms in Bioinformatics, Universität Tübingen; Max Planck Institute for Developmental Biology, Tübingen; High Performance and Cloud Computing Group, IT Center, Universität Tübingen

Status: abgeschlossen.