Tiger Team Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams. To apply for support by a tiger team, click

Apply for Tiger Team Project

Tiger Team: tt-wasserfloehe

Erforschung von genetischen Populationsstrukturen am Beispiel von europäischen Wasserflöhen

Unterteilung der Gesamtstichprobe in genetisch ähnliche biologische Cluster aufgrund der Geninformationen einzelner Individuen.

Ausgehend von einem Datensatz ausgewählter Geninformationen (Mikrosatelliten-Marker) einer großen Anzahl von Wasserflöhen (zum Beispiel Art Daphnia longispina) aus verschiedenen Gewässern aus verschiedenen Ländern in Europa, wird diese zu den einzelnen Herkunftsgewässern sortiert.

Die Sortierung in eine bestimmte Anzahl an genetischen Clustern erfolgt ausschließlich aufgrund der individuellen Genotypen. Daher muss für jede Anzahl an zu berechnenden Clustern ein eigenes Szenario errechnet werden, und für jedes Szenario werden mehrere unabhängige Simulationen durchgeführt, um eine statistisch sichere Aussagekraft sicherzustellen.

Die Berechnung der einzelnen Simulationen erfolgt auf dem bwUniCluster, mit dem es möglich ist, mehrere hundert von einander unabhängige Simulationen zu starten.

Das Tiger-Team installierte das Programm Structure 2.3.4 auf dem bwUniCluster und erstellte ein Moab-Submit-Skript, mit dem die parallelen Berechnugen durchgefürt wurden.

Mitglieder des Tiger-Teams: Dr. Robert H.S. Kraus (Uni Konstanz | Max-Planck-Institut für Ornithologie, FB Biologie Universität Konstanz), Rainer Rutka (Uni Konstanz | KIM/Rechenzentrum)

Status: abgeschlossen.