Tiger Team Projects

The following enumeration provides an overview of collaborations between members of the bwHPC-S5 team and scientists, i.e. tiger teams. To apply for support by a tiger team, click

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Tiger Team: tt-wsbac-pipeline

Anwendung der WGSBAC-Pipeline auf Brucelladaten

Im Rahmen Ihrer Dissertation erstellte Frau Holzer eine genotypische Charakterisierung von verschiedenen Brucellastämmen um die Endemie von Brucellose in Ostafrika zu erforschen. Ziel des Projektes war es, die aus Afrika importierten Ausbruchsstämme nach der zeitlichen und geografischen Verteilung zu bestimmen. Die Brucellastämme wurden dafür genotypisiert und mit den bereits publizierten Stämmen verglichen. Für dieses Vorhaben mussten die Genome gemappt und eine SNP-Analyse durchgeführt werden. Im Anschluss wurde aus den Ergebnissen ein phylogenetischer Baum erstellt, welcher die zeitliche und geographische Verteilung der Brucella Stämme beschreibt.

Die WGSBAC-Pipeline [1] erstellt hierbei eine Genotypisierung und Charakterisierung von Bakterienproben (BAC) mittels vollständiger Genomsequenzierung (Whole Genome Sequencing, WGS). Die WGSBAC-Pipeline nutzt Snakemake für das Workflow Management und Conda um die benötigte Software einfach zu installieren. Obwohl Snakemake und Conda das Deployment und die Nutzung wissenschaftlicher Workflows vereinfachen, ergaben sich im Laufe der Zeit immer wieder Probleme, welche im Rahmen dieses Tiger-Teams gelöst wurden. So funktionierte zum Beispiel eine Conda Umgebung nach einer Neuinstallation der Pipeline nicht mehr, da eine spezielle Bibliothek nach einem Versionssprung nicht mehr von Conda installiert wurde. Die Ergebnisse führten zu zwei Veröffentlichungen in Journals und Frau Holzers Doktorarbeit.

[1] https://gitlab.com/FLI_Bioinfo/WGSBAC

Mitglieder der Tiger-Teams: Katharina Holzer, Infektions- und Umwelthygiene bei Nutztieren, Universität Hohenheim; Felix Bartusch, HPC-Kompentenzzentrum BinA

Status: abgeschlossen.